SUDEMER, sualtı kültür mirasının araştırılması, belgelenmesi, korunması ve kamuoyu ile paylaşılması amacıyla aşağıdaki alanlarda faaliyet göstermektedir:

• Sualtında bulunan kültür varlıklarının tespiti, envanterinin oluşturulması ve coğrafi bilgi sistemine aktarılarak haritalanmasına yönelik uygulamalar yürütmek,
• İleri sualtı teknolojileri ve modern tekniklerin kullanıldığı araştırma projeleri gerçekleştirmek,
• Mevcut ve potansiyel kaynaklara bağlı yönetim modelleri oluşturmak,
• Lisansüstü programlarının uzman ve bilim adamı eksikliğinin giderilmesine yönelik çalışmalar gerçekleştirmek,
• Alanında yürütülecek araştırma ve uygulama faaliyetlerinde koordine edici ve yönlendirici bir rol üstlenmek,
• Bilimsel proje üretimini teşvik edici olanaklar sağlamak, öğrencileri araştırmaya yöneltmek, araştırma ve belgeleme yöntemleri konusunda eğitsel faaliyetlerde bulunmak,
• İlgili bölümlerde eğitim gören öğrencilere alan çalışması imkanı sağlayarak uygulama alanındaki bilgi ve becerilerini artırmalarına yardımcı olmak,
• Jeoarkeoloji, arkeojeofizik, paleo-oşinografi ve antik çağ gemi yapım teknikleri alanlarında çıktılar elde etmek,
• Deniz seviyesi değişimleri ve bunların tarihsel boyutlarının incelenmesi konularında çağdaş ve yenilikçi araştırmalar ve uygulamalar yapmak.